Ученый Совет МИВМ является основой научной и учебной деятельности МИВМ. В его составе 1 Академик РАМН, 18 докторов медицинских наук, 4 кандидата медицинских наук, 1 кандидат биологических наук. Многонациональный состав Ученого Совета представлен деятелями медицинской науки России, Казахстана, США, Украины, Германии, Узбекистана, Армении.
Главной целью Ученого Совета является повышение качества дополнительного образования в Институте, по разным направлениям восстановительной медицины. Ученый Совет призван совершенствовать научную и педагогическую деятельность Института, расширять связи с научной общественностью России и зарубежья.
